29 березня 2012 року Вчена рада Києво-Могилянської академії ліквідувала Центр візуальної культури як підрозділ НаУКМА.

Після попереднього рішення Вченої ради про призупинення діяльності ЦВК, на підтримку Центру висловилися представники міжнародної художньої та академічної спільноти. Зокрема, петицію на захист ЦВК підписали професор історії Єльського університету Тімоті Снайдер, всесвітньо відомі філософи Славой Жижек та Джудіт Батлер, куратор Першої Київської міжнародної бієнале сучасного мистецтва Арсенале 2012 Девід Елліотт, французький філософ Жак Рансьєр та багато інших. Проте, на думку членів Вченої ради, така публічна підтримка Центру шкодить іміджу Могилянки та дискредитує адміністрацію університету.

Всупереч рішенню Вченої ради Центр візуальної культури продовжує свою роботу як незалежна художня та дослідницька інституція, яка діятиме як в університеті, так і за його межами. Серед наступних запланованих заходів — виставки німецького фотографа і режисера Мірона Цовніра, австрійського фотографа Еріха Лессінґа, польського художника і куратора 7 Берлінської бієнале Артура Жмієвського, виступи американського філософа Майкла Волцера і словенського теоретика культури Славоя Жижека.

Центр візуальної культури з 2008 року проводить регулярні заходи для широкої громадськості (дискусії, міжнародні конференції, виставки тощо), котрі стали популярними всередині та поза могилянською спільнотою. ЦВК спільно з незалежною студентською профспілкою «Пряма дія» в НаУКМА були головними організаторами студентських протестів, завдяки яким було знято з розгляду законопроект, через який Академії загрожувала втрата статусу університету.